Ο καθαρισμός των δοντιών από την πέτρα είναι η κύρια θεραπευτική ενέργεια του περιοδοντολόγου. Ο καθαρισμός αυτός μπορεί να αφορά είτε τον απλό (όπως λέγεται) καθαρισμό ή τον βαθύτερο, γνωστό και ως περιοδοντική θεραπεία, ανάλογα με την εντόπιση της πέτρας (υπέρ ή υπό – ουλικά). Ο σωστός και επιμελής καθαρισμός των δοντιών μπορεί να απαιτεί περισσότερες επισκέψεις ή/και τη χρήση τοπικής αναισθησίας. Ανάλογα με τη μορφή των περιοδοντικών βλαβών και τη βαρύτητα του περιστατικού ενδέχεται να απαιτείται η χρησιμοποίηση εξειδικευμένων τεχνικών χειρουργικής επεξεργασίας των ούλων, με σκοπό πάντα την εξασφάλιση ευνοϊκών συνθηκών για τη διατήρηση της υγείας των ούλων. Στις τεχνικές αυτές συμπεριλαμβάνονται και οι διαδικασίες της αποκάλυψης της ρίζας ενός τερηδονισμένου δοντιού προκειμένου να αποκατασταθεί σωστά. Συχνή είναι και η ανάγκη χειρουργικής εξαγωγής ενός δοντιού με ταυτόχρονη τοποθέτηση οστικού μοσχεύματος για τη διατήρηση του οστικού υπόβαθρου, προκειμένου να τοποθετηθούν οδοντικά εμφυτεύματα.